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No hace mucho conté cómo cambiar los colores con que se nos muestra en el terminal cada tipo de archivo.
Sin embargo, en el caso concreto de urxvt, e imagino que en el de otros emuladores de terminal, no siempre estaremos de acuerdo con los colores que maneja por omisión. Por poner un ejemplo, si le indicamos que nos muestre los directorios de color naranja, los mostrará amarillos. O si utilizamos habitualmente vim, o mutt, pudiera ser que no consiguiésemos los colores deseados.

Una forma de solucionar esto es cambiando el esquema de colores de urxvt. Los colores, digamos, base, son de la forma

! Normal
color0 black
color1 red
color2 green
color3 yellow
color4 blue
color5 purple
color6 cyan
color7 white

!Light
color8 black
color9 red
color10 green
color11 yellow
color12 blue
color13 purple
color14 cyan
color15 white

Con unas pequeñas modificaciones en .Xdefaults podemos conseguir que, por ejemplo, cuando le indiquemos a urxvt que muestre el color rojo, nos muestre el lila. Incluso podríamos hacer que el amarillo simple sea amarillo y el amarillo resaltado, naranja. Los colores podemos indicarlos en hexadecimal, con lo que la gama de posibilidades crece exponencialmente.

Os dejo mi .Xdefaults actual

xft.antialias: true
!URxvt - setting
URxvt*background: #000000
URxvt*foreground: #ffffff
URxvt*scrollBar: false
URxvt*font: xft:Bitstream Vera Sans Mono:size=8
URxvt*inheritPixmap: true
URxvt*termName: rxvt
URxvt.perl-ext-common: default,matcher
URxvt.urlLauncher: firefox
URxvt.matcher.button: 2
URxvt.matcher.pattern.1: \\bwww\\.[\\w-]\\.[\\w./?&@#-]*[\\w/-]

!Black
URxvt.color0: #000000
URxvt.color8: #555753
!Red
URxvt.color1: #990099
URxvt.color9: #8E388E
!Green
URxvt.color2: #4E9A06
URxvt.color10: #699000
!Yellow
URxvt.color3: #FFA500
URxvt.color11: #FFA500
!Blue
URxvt.color4: #3465A4
URxvt.color12: #729FCF
!Magenta
URxvt.color5: #75507B
URxvt.color13: #AD7FA8
!Cyan
URxvt.color6: #06989A
URxvt.color14: #34E2E2
!White
URxvt.color7: #FFFFFF
URxvt.color15: #FFFFFF